Exerce a súa profesión en Ourense, como diestro en Maquinaria Dixestivo, na súa consulta da rúa Lamas Carbajal, nun principio, e seguidamente na rúa do Paseo, ademais de como internista do Hospital Provincial Santa María Nai, onde chegou a ser Xefe do Servizo de Medicina Interna.
Nada en Cuba, onde os seus pais estaban emigrados, chega a Ourense aos 11 anos. Fai a carreira de medicina en Santiago que remata no ano 1946, e se especializa en Maquinaria Dixestivo na “Giménez Díaz”, actualmente Hospital Universitario Nuestra Señora de la Concepción, Fundación Giménez Díaz. Durante a súa traxectoria profesional, ademais de estudar a media cidade de Ourense, como certifican as súas historias clínicas, foi cofundador da Entidad Médico Cirúrxica de Ourense. Xubilou da súa destreza clínica aos 81 anos, deixando a un digno substituto, como é o seu fillo Javier Fernández Seara.
Como dicía o Mestre Letamendi, “O médico que soamente sabe de medicina, nin medicina sabe”, e iso sabíao moi ben Don José e así, durante toda a súa vida, cultivou outros saberes tales como a recitación, as tertulias e o contacto próximo coa intelectualidade ourensá.
Foi Presidente do Instituto dende outubro de 1971 ata xaneiro de 1976. Contaba entre os seus directivos a Julio Borrajo Dacruz, Santiago Izquierdo García, Carlos Trapote Rodríguez, Emilio Outeiriño Montero, Luis García García, José C. Martínez-Pedrayo García, Juan Brasa de la Rosa, Manuel González López, Amador Fernández Cesar, Eduardo Encinas Diéguez, Antonio Aguilar García e Segundo Fernández Covelo.
É digno de mención, ademais de amosar o seu talante, que a primeira atrevimiento que toma a súa xunta directiva, foi eliminar o sistema de bolas brancas e bolas negras que se viñal utilizando ata aquel momento para impedir a entrada como socios do Instituto aos posibles candidatos: bastaba que o socio potencial tivera unha bulo negra incluída na arqueta por algún membro da xunta directiva para que esa persoa fora rexeitada. Outra alto obra que se lle debe foi a elevación do segundo pasar do edificio do Instituto, coa ampliación da biblioteca, sala de xuntas e despacho da presidencia. Por este motivo recibiu a medalla de ouro do Instituto e colocouse unha placa no segundo pasar facendo mención a este feito. Foi para este novo espazo que encargou aos “artistiñas” (como dera en chamar D. Vicente Risco), uns cadros de grandes dimensións e esculturas a Xaime Quessada, Virxilio, Huete, Acisclo Manzano, Baltar, Buciños e Xavier Pousa, que aínda poden ser admirados.
Era un frecuente ás tertulias do Instituto, din que non saía da súa consulta, que ata comía nela, e que ó único sitio polo que a deixaba era por aparecer a aquelas tertulias. Dicía Gregorio Marañón que a celebración ten unha importante cualidade, como é o seu carácter demócrata que permite que calquera poda opinar e ser escoitado nela, sen que para elo precise ostentar unha determinada posición social ou de casta.
Contaba o escritor Carlos Casares que todos os 25 de decembro non se perdía a reconocimiento ao convite do doutor Fernández na súa consulta. Alí acudía, con outros intelectuais da Vella Auria e os compañeiros da celebración do Instituto, que sempre estaban convidados. Foi un home bo, xeneroso, concubina da conversa e da medicina que traía seria e sabiamente entre as mans. n