El suceso se produce a tres días de la celebración de las elecciones generales y en el contexto de movilizaciones ciudadanas contra la billete de España en la Combate de Irak y el despliegue de tropas en el conflicto.
Día 11 de marzo
A las 7:37 de la mañana estalla la primera mochila torpedo adentro de un tren parado en la fase de Atocha, le siguen dos explosiones más en el mismo convoy. A las 7:38 se producen dos explosiones en un tren en la fase de El Pozo y otra en la de Santa Eugenia. A las 7:39 explotan cuatro mochilas torpedo en un tren que se encuentra en la Calle Téllez, a 500 metros de la fase de Atocha.
Todos los Servicios de Emergencias, Servicios Sanitarios, Fuerzas y Cuerpos de Seguridad, se vuelcan en la desocupación y en el dispositivo de seguridad. Se realiza el traslado de los fallecidos a IFEMA, espacio hasta el que se desplazarán cientos de personas en pesquisa de sus seres queridos.
A las 8:15 se localizan dos bombas más sin explosionar en El Pozo y Atocha que son neutralizadas por los TEDAX.
A las 13:15 comparece el ministro de Interior, Donosura Acebes, asumiendo que se tráfico de un ataque terrorista de ETA; seguidamente, a las 14:00, el presidente del Gobierno, José María Aznar, comparece sin citar expresamente a ETA, pero apoyando la proposición.
A las 20:00 comparece de nuevo Donosura Acebes informando del hallazgo de una furgoneta sospechosa en Alcalá de Henares, en la que se descubren siete detonadores y una cinta con versículos del Corán. Por primera vez acento de dos líneas de interpretación, pero considerando a ETA como la secante esencial de la investigación.
A las 21:00 el familia islámico vinculado a Al Qaeda ‘Brigadas Abu Hafs Al Masri’ reivindican los atentados en un comunicado en un boletín árabe.
Día 12 de marzo
Se celebran concentraciones multitudinarias de repulsa a lo generoso de toda España; mientras, la estructura terrorista ETA se desvincula de la autoría de los atentados.
Día 13 de marzo
En plena viaje de advertencia de las elecciones generales en España, miles de personas se concentran en el exógeno de la sede del PP en la calle Génova de Madrid exigiendo retener la verdad sobre el atentado. Paralelamente Alfredo Pérez Rubalcaba, PSOE, da una rueda de prensa en la que pide que el Gobierno “no mienta”.
Día 14 de marzo
Se celebran las elecciones generales, anhelo el PSOE con 164 diputados frente a los 148 del PP.
Día 3 de abril
Siete de los autores materiales de los atentados se inmolan en un asfalto de Leganés al hallarse cercados por la Policía, en la acceso fallece asimismo el GEO Francisco Javier Torronteras.
Día 18 de abril
José Luis Rodríguez Zapatero anuncia la retirada de las tropas españolas de Irak.
Del 15 de febrero al 2 de julio de 2007 se celebra el pleito contra los acusados Jamal Zougam, Abdelmajid Bouchar ‘El Gamo’, José Emilio Suárez Trashorras, Rabei Osman ‘El Egipcio’, Hassan El Haski, Youssef Belhadj ‘Abu Dujanah’, Fouad El Morabit Amghar, Basel Ghalyoun, Mouhannad Almallah ‘Dabas’, y Mohamed Larbi Ben Sellam ‘Abu Zubair’, en un pabellón de la Audiencia Franquista en la Casa de Campo. La sentencia considera probado que los atentados fueron llevados a límite por una célula yihadista.