Aragonés presentó en junio de 2022 una denuncia contra Paz Esteban, exdirectora del CNI, y contra NSO, la empresa israelí propietaria del sistema de ciberespionaje Pegasus, pero el tribunal se inhibió ante la Audiencia Nacional, a petición de la Fiscalía. al considerar este tribunal competente porque el president catalán es una alta institución del Estado. Finalmente, la Audiencia de Barcelona revocó dicha decisión y el caso acabó en el Juzgado 29.
El pasado mes de mayo de 2022, el Ejecutivo de Pedro Sánchez Despidió a Paz Esteban. El juez no sólo la cita como investigada sino que también ha encargado una batería de diligencias, entre ellas la de citar al magistrado del Tribunal Supremo encargado del control judicial del CNI para que certifique si ha autorizado el uso de software de control remoto, monitorización, baliza o cualquier forma de intervención en las comunicaciones de Aragonès. De ser así, el juez de Barcelona pide al Tribunal Supremo que le remita las resoluciones judiciales por las que se ha autorizado esa “intromisión”.
También pide al CNI y a la Comisión Delegada del Gobierno para Asuntos de Inteligencia que especifiquen si el CNI o cualquier otro organismo del Gobierno español ha adquirido o utilizado Pegasus.
El juez también se ha dirigido al Tribunal de Cuentas y a la Intervención General del Estado para que le remitan una certificación sobre si el CNI adquirió productos o licencias o pagó servicios de cualquier tipo a NSO Group desde 2014 hasta la actualidad y que le faciliten todos los datos de quienes tener estos productos.